Los goles del conjunto incaico fueron marcados por José Reyna, a los 27 y 33 minutos, y Andy Polo, a los 82.
En tanto, Ecuador había igualado transitoriamente con los tantos de Jonny Uchuari (50) y Ely Esterilla (70).
Con estos resultados, Perú, con cuatro unidades, tiene aún esperanzas de clasificar al Mundial, dado que el domingo, en la última jornada, enfrentará a Chile (seis puntos), por un lugar.
Más temprano Chile venció a Colombia 1-0. La jornada del miércoles finaliza con el partido de última hora entre Paraguay y Uruguay (01H00 GMT del jueves).